Grande diversité microbienne trouvée dans le microbiome africain ^{CEFR B2}

Des scientifiques du Sydney Brenner Institute for Molecular Bioscience, à l'Université de Witwatersrand, ont publié dans Nature les résultats d'une large étude du microbiome intestinal en Afrique. Ils ont analysé des échantillons de selles d'environ 1 800 femmes au Kenya, au Ghana, au Burkina Faso et en Afrique du Sud par séquençage génétique.

L'équipe a découvert plus de 1 000 nouvelles espèces bactériennes et plus de 40 000 nouveaux virus, et estime que plus de 40 000 microbes intestinaux inconnus figurent dans les populations étudiées. Les chercheurs soulignent qu'une signature microbienne spécifique est liée à l'infection par le VIH; les profils bactériens des personnes séropositives en Afrique diffèrent complètement de ceux observés dans les pays plus riches, ce qui pourrait ouvrir de nouvelles pistes pour détecter, surveiller et traiter le VIH localement.

Les participantes vivant en milieu rural avaient une flore plus riche et diversifiée. Les habitantes urbaines manquaient souvent d'une bactérie appelée Treponema, possiblement en raison d'un régime moins riche en fibres et d'un recours plus fréquent aux antibiotiques. Charissa Naidoo, codirectrice de l'African Microbiome Institute, a mis en garde contre la perte de bactéries bénéfiques et a appelé à des interventions nutritionnelles urgentes.

Les auteurs notent que la diversité varie aussi entre villes et régions, influencée par les régimes locaux, l'environnement et les pratiques culturelles, et que cette étude comble des lacunes laissées par le Human Microbiome Project de 2007. Ils estiment que ces résultats pourraient aider à adapter médicaments et traitements aux populations africaines et prévoient d'étendre leurs recherches pour étudier les liens avec les troubles du sommeil, la ménopause, les maladies cérébrales et la tuberculose. La présentation des résultats a été produite par le desk anglais Afrique subsaharienne de SciDev.Net.