Новый метод синтеза ДНК бактериофагов ^{CEFR B2}

Исследователи представили способ химического синтеза и редактирования целых фаговых геномов, позволяющий добавлять и удалять отдельные гены. Эта работа направлена на поиск альтернатив антибактериальным препаратам по мере роста устойчивости. Результаты опубликованы в Proceedings of the National Academy of Sciences.

Команда во главе с Graham Hatfull (University of Pittsburgh), вместе с Greg Lohman (New England Biolabs) и компанией Ansa Biotech, смоделировала синтетическую ДНК по образцу двух естественных фагов, атакующих Mycobacterium. Эти фаги примерно на 65% состоят из G и C, и традиционные методы синтеза испытывают трудности с такой высоко GC‑содержательной ДНК.

Учёные химически синтезировали ДНК, идентичную фагам BPs (≈40,000 пар оснований, используется в клинической практике против бактерии, часто инфицирующей людей с муковисцидозом) и Bxb1 (≈50,000 пар оснований). Каждый геном собрали из 12 секций и вставили в клетки, которые затем произвели фаги. Hatfull отмечает, что теперь можно удалять или изменять отдельные гены и наблюдать эффекты, что поможет понять работу фагов и расширить клиническое применение.

Лаборатория Hatfull’a хранит около 28,000 фагов и поддерживает библиотеку примерно из 5,500 фаговых геномов. Когда клиницисты присылают образцы пациентов, исследователи ищут подходящий фаг, используя опыт, библиотеку геномов и чашки Петри. Синтетические геномы могут ускорить этот процесс и сократить необходимость хранения большого числа физических образцов. Hatfull указывает, что создание геномов по информации однажды может заменить хранение десятков тысяч фагов на льду.

• Источники фагов в лаборатории: почва, пруды, гниющие фрукты.